Em uma operação de importação convencional, o ICMS é pago no ato do desembaraço aduaneiro. Já as opções realizadas por meio do FUNDAP, o imposto incidente fica diferido até o momento da saída da mercadoria do armazém do importador, tendo ainda até 26 dias para quitar com o imposto. As saídas das mercadorias sujeitas ao incentivo do FUNDAP, também são aplicadas alíquotas diferenciadas quando destinadas a estabelecimentos atacadistas, por exemplo: